1 kwietnia 1992 ze struktury organizacyjnej placówki wyłączonych zostało 19 filii. Siedemnaście z nich stało się własnością samorządu miasta Olsztyn i włączonych zostało w strukturę Miejskiego Ośrodka Kultury. Pozostałe dwie filie zostały w późniejszych latach zlikwidowane.
W 1993 r. decyzją Wojewody Olsztyńskiego a później Głównej Komisji Uwłaszczeniowej, budynek Starego Ratusza, w którym mieści się główny księgozbiór Biblioteki, przekazany został na własność Wojewódzkiej Bibliotece Publicznej.
Z dniem 1 stycznia 1999 Wojewódzka Biblioteka Publiczna w Olsztynie stała się instytucją kultury samorządu województwa warmińsko-mazurskiego. Uchwałą Nr XIV/214/00 Sejmiku Województwa Warmińsko-Mazurskiego z dnia 14 marca 2000 nadano jej nowy statut.