Gomoliński był aktywnym uczestnikiem synodu unijnego w Brześciu (1596), współpracował z Janem Zamoyskim przy tworzeniu Akademii Zamoyskiej i organizował pierwszą w diecezji kapitułę kolegiacką w Zamościu, ufundowaną przez kanclerza (erygowana przez papieża Klemensa VIII w 1594). Biskupi chełmscy byli z urzędu kanclerzami Akademii, a prebendy kanonii kolegiackich były faktycznym uposażeniem wykładowców w Akademii (Początkowo Zamoyski ufundował 3 prałatury – dziekan, scholastyk, kustosz i 4 kanonie, później przybyło jeszcze 8 kanonii).
XVII wiek Działania Gomolińskiego i jego następców: Jerzego Zamoyskiego, a zwłaszcza późniejszego prymasa Macieja Łubieńskiego, przyniosły skutek. W 1648 w diecezji było już tylko 5 zborów ewangelickich i 2 braci polskich. Jerzy Zamoyski wybudował początkach XVII w. w Skierbieszowie zamek, rezydencję biskupią. Przetrwał on tylko do szwedzkiego potopu, kiedy to został zniszczony, a w 1659 opuszczony całkowicie. Tenże biskup dokonał w 1604 podziału diecezji na dekanaty (na początku XV w. prawdopodobnie istniał dekanat bełski, ale później brak o nim wzmianek). Utworzył ich 10: Bełz, Chełm, Grabowiec, Hrubieszów, Krasnystaw, Luboml, Magierów, Sokal, Turbin i Zamość. Biskup Łubieński w 1624 w miejsce dekanatu w Magierowie utworzył dekanat w Potyliczu.