W 1993 r. poeta definitywnie przeprowadził się do Polski, gdzie jako miejsce pobytu wybrał Kraków, jak twierdził „najbardziej zbliżony do Wilna”; zamieszkał na Stradomiu, w domu przy ul. Wojciecha Bogusławskiego 6, w którym mieszkał do końca życia i w którym zmarł.
Miłosz zmarł 14 sierpnia 2004 w Krakowie, przeżywszy 93 lata. Przyczyną śmierci były dolegliwości układu krążenia. Został pochowany 27 sierpnia 2004 w Krypcie Zasłużonych na Skałce. mały|Litewski znaczek pocztowy wydany z okazji 100. rocznicy urodzin Miłosza mały|Sarkofag w Krypcie Zasłużonych na Skałce (2005)
Życie prywatne Pierwszą żoną Czesława Miłosza została w 1944 Janina z domu Dłuska, primo voto Cękalska. Poślubiła go w styczniu 1944 w Warszawie. Po zakończeniu II wojny światowej wyjechała z mężem do Stanów Zjednoczonych, gdzie mieszkała do końca życia. Zmarła w 1986 roku. Po jej śmierci Czesław Miłosz napisał wiersz Na pożegnanie mojej żony Janiny. Mieli dwóch synów: Anthony’ego (ur. 1947) i Piotra (ur. 1951). Drugą żoną Czesława Miłosza została w 1992 amerykańska historyczka Carol Thigpen-Miłosz. Miłosz przeżył również drugą żonę.