16 września jednostki piechoty wykorzystano do umocnienia wcześniejszych pozycji na linii między miejscowościami Liszna, Jabłonki, Baligród, Sanok, Krosno i Dukla, po czym wycofano je w granice Słowacji.
W walkach od 2 września wzięły też udział siły powietrzne złożone z dwóch dywizjonów myśliwskich, mających na wyposażeniu 20 samolotów Avia B-534 oraz jeden dywizjon rozpoznawczy z dziesięcioma samolotami Letov Š-328. Wlatywały one w głąb polskiego terytorium na odległość około 80 km, nie osiągając jednak żadnych spektakularnych sukcesów podczas działań wojennych. Dochodziło też do lotów rozpoznawczych polskiego lotnictwa nad Słowacją.
W czasie kampanii wrześniowej straty armii słowackiej w Polsce wyniosły 18 zabitych, 46 rannych i 11 zaginionych. Wzięto do niewoli ok. 1350 jeńców polskich. W styczniu 1940 około 1200 z nich Słowacy przekazali Niemcom oraz Sowietom, a resztę uwięzili w obozie w miejscowości Lešť.