Los Angeles Clippers i Denver Nuggets 30 lipca 2002 roku został wymieniony wraz Bryantem Stithem, za Dariusa Milesa i Harolda Jamisona do Los Angeles Clippers, gdzie grał tylko przez rok. w 2003 roku podpisał wieloletni kontrakt z Denver Nuggets, gdzie stał się częścią młodego, bardzo dobrze zapowiadającego się zespołu.
Philadelphia 76ers 19 grudnia 2006 roku stał się częścią wymiany obejmującej m.in. Allena Iversona i trafił do zespołu Philadelphia 76ers. W Filadelfii, statystyki Millera wyróżniały się w wielu kategoriach. W sezonie 2006-07 był czwartym zawodnikiem NBA w asystach (625), siódmym w asystach na mecz (7,8), dwudziestym w przechwytach (1,38) i piętnastym w stosunku asyst do strat (2,82).
Portland Trail Blazers 24 lipca 2009 roku Miller podpisał 3-letni kontrakt z zespołem Portland Trail Blazers wart 21 milionów dolarów. 30 stycznia 2010 r. uzyskał rekord kariery w punktach, zdobywając ich 52 w meczu przeciwko Dallas Mavericks.
Denver Nuggets 23 czerwca 2011, podczas draftu 2011, Miller, wraz z prawami do 26. wyboru (Jordan Hamilton) został wymieniony do Denver Nuggets w zamian za Raymonda Feltona.