Architektura kościoła Kościół św. Małgorzaty położony jest powyżej zamku w Dębnie, na wzniesieniu położonym po zachodniej stronie lokalnej drogi i na południe od drogi krajowej nr 94. Plac przykościelny otoczony jest ogrodzeniem z początku XX wieku, z furtką od strony wschodniej i porośnięty drzewami. Na jego terenie znajduje się polichromowana kamienna rzeźba Matki Bożej Niepokalanego Poczęcia na wysokim cokole z płaskorzeźbą św. Michała, fundacji Michała Sułka i jego żony Stefanii z 1938 roku. Na południowym stoku wzgórza, poza obrębem ogrodzenia, wybudowany został zespół zabudowań z nową plebanią.
Kościół jest późnogotyckim, jednonawowym, orientowanym budynkiem, murowanym z nieregularnych kamiennych ciosów układanych w opus incertum, łączonych wapienno-cementową zaprawą, z użyciem cegły. Do węższego, prostokątnego prezbiterium przylega od strony północnej zakrystia z dobudowanym w późniejszych czasach przedsionkiem. Do nawy przylega od strony zachodniej wieża na planie kwadratu, z kruchtą w przyziemiu. Od południa do nawy przylega druga kruchta.