Po piętach depcze Indy'emu doktor Gennadi Volodnikov - sowiecki naukowiec zajmujący się fizyką hiperprzestrzeni, który ma do pomocy część radzieckiej armii.
Po skompletowaniu wszystkich części Machiny, Indy oddaje je Simonowi Turnerowi - szefowi Sophii, który zamierza zrekonstruować Machinę i użyć jej do zniszczenia komunistów. Indy'emu udaje się poprawnie umieścić części Machiny (które Turner źle umiejscowił) i pokonać Turnera. Niestety przez przypadek Machina zostaje uruchomiona i Indiana wraz z Sophią przedostają się do innego wymiaru. Indy musi zmierzyć się z Mardukiem, który okazuje się bezdusznym kosmitą. Po pokonaniu Marduka, Indy i Sophia znajdują portal do Babilonu i wraz z Volodnikovem (który okazuje się dobry z natury) bohaterowie odchodzą w stronę zachodzącego słońca.
Powrót do Peru Jest to dodatkowy poziom gry, w którym Indiana Jones znów znajduje drogę do świątyni z Poszukiwaczy. Indy wyczytuje z sekretnej mapy, że istnieje drugi, bliźniaczy posążek płodności, ukryty w pomieszczeniach za głównym ołtarzem.
Cały ten poziom został utworzony na podstawie pierwszej ekranowej przygody archeologa, zatem znajdziemy tu dokładnie te same pułapki i wnętrza świątyń.