Po zakończeniu kariery zawodniczej został trenerem. Odniósł szereg sukcesów z drużynami klubowymi, Milan doprowadził do trzech finałów Pucharu Mistrzów (w tym zwycięskiego w 1994) oraz zdobycia Superpucharu Europy (1994), z Realem Madryt zdobył w 1997 mistrzostwo Hiszpanii, z Romą mistrzostwo Włoch. W sezonie 2004/2005 został szkoleniowcem Juventusu, gdzie po dwóch sezonach miał na swoim koncie kolejne dwa mistrzostwa kraju. W sezonie 2006/2007 przeniósł się do Realu Madryt.
Choć krytykowany za bezbarwną grę swojej ekipy, wywalczył z drużyną Królewskich 30. tytuł mistrza Hiszpanii. Mimo to 28 czerwca 2007 został zwolniony.
W grudniu 2007 roku Fabio Capello otrzymał nominację na stanowisko trenera reprezentacji Anglii, które objął w styczniu roku następnego. Zakwalifikował się z nią do mistrzostw świata w 2010 roku i mistrzostw Europy w 2012 roku. 8 lutego 2012 roku, na cztery miesiące przed rozpoczęciem mistrzostw Europy w Polsce i na Ukrainie zrezygnował z posady trenera reprezentacji Anglii. Wcześniej Capello skrytykował decyzję federacji piłkarskiej o odebraniu opaski kapitana Johna Terry’ego. 16 lipca 2012 został trenerem reprezentacji Rosji.