W 1643 udał się do Warszawy, by odebrać od króla Władysława IV przywilej zezwalający na budowę nowych prawosławnych obiektów sakralnych w Brześciu oraz potwierdzający prawa brzeskiego bractwa prawosławnego. Dokument ten nie został potwierdzony przez kanclerza Albrychta Stanisława Radziwiłła. Wówczas Atanazy wystąpił z oficjalną skargą w sejmie, domagając się likwidacji unii i wspierania „prawdziwej wiary greckiej”. Został aresztowany, po czym zmuszony do wyjazdu do Kijowa. Chociaż metropolita kijowski Piotr nakazał mu powstrzymanie się od publicznych ataków na Kościół unicki, w dalszym ciągu potępiał unię w głoszonych kazaniach. W 1645 został ponownie aresztowany. Z więzienia wystosował pismo do króla Władysława IV, wzywając go do likwidacji unii. Władca uznał go za nieszkodliwego i nakazał jego zwolnienie, polecając jednak metropolicie kijowskiemu nadzorowanie go. Po śmierci metropolity Piotra w 1647 duchowny wrócił do Brześcia. Tam rok później został aresztowany. Zarzucono mu dalsze atakowanie unii i spiskowanie z Kozakami przeciwko Rzeczypospolitej. We wrześniu 1648 został bez sądu rozstrzelany.