Pierwsze podwodne testowe odpalenie pocisku miało miejsce w 1978 roku, wtedy też General Dynamics otrzymał kontrakt na opracowanie i rozwój systemu.
Oryginalnie zaplanowane trzy wersje pocisku, odpalane z okrętów nawodnych oraz podwodnych: UGM-109A TLAM-N (Tomahawk Land Attack Missile – Nuclear); UGM-109B TASM (Tomahawk Anti-Ship Missile); UGM-109C TLAM-C (Tomahawk Land Attack Missile – Conventional) z głowicą konwencjonalną. Czwarta wersja – UGM-109D TLAM-D – z konwencjonalną głowicą wyposażoną w subamunicję, weszła do służby w 1989 roku.
Pierwsze pociski odpalane z okrętów nawodnych, które weszły do służby w US Navy w 1983 roku na pokładzie pancernika USS „New Jersey” (BB-62), znane były jako BGM-109 Tomahawk. Jednak trzy lata później dokonano podziału klasyfikacyjnego tych pocisków na odpalane z okrętów nawodnych RGM-109 oraz UGM-109 odpalane z zanurzonych okrętów podwodnych.
W 2012 roku siły zbrojne USA zamówiły kolejną partię 252 pocisków wersji Block IV, za 254,6 mln USD, w tym 120 dla okrętów podwodnych.