Podczas działań wojennych w okresie walk w rejonie Prudnika w marcu 1945 uszkodzona została wieża kościoła. Wspólnota ewangelicka w Prudniku istniała jeszcze w pierwszych latach po II wojnie światowej, zdziesiątkowana i ograniczona. Tworzyli ją pozostali w mieście Niemcy, a także polscy ewangelicy przesiedleni ze wschodniej Polski. Nabożeństwa oraz msze modlitewne odprawiano tylko w języku polskim, ponieważ publiczne mówienie po niemiecku było zabronione. Prudnicka społeczność ewangelików stopniowo zanikała. Ostatniej konfirmacji w Prudniku udzielono 7 sierpnia 1949. W wyniku zaniedbań uszkodzeń wojennych, z czasem powstawały kolejne uszkodzenia wieży i dachu. Z dachu zaczęły odpadać arkusze miedzianej blachy, a okna zostały powybijane. Opiekujący się kościołem pastor zrzekł się jego użytkowania i przekazał go Skarbowi Państwa. Urząd do Spraw Wyznań polecił rozebrać kościół, odrzucając jednocześnie prośbę parafii rzymskokatolickiej w Prudniku o jego użytkowanie. Zgodę na rozbiórkę kościoła podpisał Zbigniew B., ówczesny architekt powiatowy. Popadający w ruinę kościół Chrystusowy został rozebrany w latach 1968–1969. Rozbiórce próbował zapobiec proboszcz Niemysłowic i część mieszkańców Prudnika. W latach 80.