Klasztor należał wówczas do wielkopolskiej prowincji św. Antoniego z Padwy. w 1661 Drewniany kościół i klasztor spłonęły, a powstał nowy, murowany kościół klasztorny. 31 maja 1699 roku biskup Hieronim Wierzbowski, sufragan poznański konsekrował kościół. Prace wykończeniowe w obrębie świątyni trwały jeszcze w latach 1727–1733 przy wydatnym wsparciu księżnej Teofili z Leszczyńskich Wiśniowieckiej, kasztelanowej krakowskiej.
W 1864 roku, za czynny udział reformatów w walkach Powstania Styczniowego i popieranie narodowego zrywu, klasztor został zamknięty, a reformaci zostali internowani w Kaliszu. Kościół klasztorny przeszedł pod opiekę księży diecezjalnych, a budynki klasztorne zostały zajęte przez żołnierzy rosyjskich z 13. kargopolskiego pułku dragonów.
W roku 1919 franciszkanie powrócili do Konina. Biskup Stanisław Zdzitowiecki przekazał kościół pod zarząd oo. franciszkanów, a jego pierwszym przełożonym został o. Jan Milicki, prefekt miejscowego gimnazjum i profesor łaciny. W klasztorze mieściła się wówczas najpierw szkoła powszechna, a później bursa dla gimnazjalistów. W 1940 roku franciszkanie zostali ponownie usunięci z klasztoru przez hitlerowskie władze. W zabudowaniach klasztornych urządzono internat dla młodzieży hitlerowskiej, a w kościele szkołę.