Atakujące miasto wojska egipskie Achillasa podjęły próby zdobycia portu i pałacu królewskiego. W wyniku ciężkich walk wojska Cezara wyparły przeciwnika, a okręty w porcie na rozkaz Cezara zostały spalone. Wódz rzymski opanował też wysepkę Faros, dzięki czemu mógł korzystać z zaopatrzenia w wodę pitną dostarczaną mu drogą morską. W międzyczasie nowym wodzem wojsk egipskich został Ganimedes (doradca nowo wybranej królowe Arsinoe), który zgładził Achillasa.
Po krótkim czasie do Egiptu dotarł z pomocą Cezarowi jeden legion wojsk przysłanych od namiestnika Azji. Transportująca żołnierzy do miasta flota Cezara starła się z okrętami Ganimedesa, zatapiając w walce dwa okręty przeciwnika. Wkrótce nastąpiły kolejne zacięte walki, w których flota Cezara ponosiła coraz to większe straty. Utracono m.in. Faros. Próba odbicia utraconych miejsc zakończyła się klęską wojsk Cezara, które w panice zbiegły na okręty. Cezar, który ratował się wpław na okręt w porcie, stracił w tej bitwie 400 ludzi.