W 1955 r. rozpoczęto usilne starania o zezwolenie na budowę nowej świątyni. 17 grudnia 1958 roku biskup tarnowski erygował w Gliniku wikarię parafialną w prawach częściowo zrównaną z parafią. 11 lutego 1977 roku, w liturgiczne wspomnienie Matki Bożej z Lourdes, parafia otrzymała zezwolenie na budowę świątyni. W latach 1977–1980 gromadzono materiały budowlane, sporządzano plan architektoniczny i projekty branżowe. 08 czerwca 1979 roku Ojciec Święty Jan Paweł II przebywając w Nowym Targu dokonał poświęcenia kamienia węgielnego pod budowę nowego kościoła. 14 maja 1981 roku bp Jerzy Ablewicz, ordynariusz tarnowski, dokonał wmurowania kamienia węgielnego. 22 grudnia 1980 roku decyzją kurii biskupiej w Tarnowie została erygowana parafia w Gorlicach-Gliniku pod wezwaniem Matki Bożej Nieustającej Pomocy.
Pierwszym proboszczem został ks. Józef Micek – budowniczy świątyni. 20 kwietnia 1986 roku bp Piotr Bednarczyk, sufragan tarnowski, dokonał poświęcenia dzwonów wykonanych w firmie ludwisarskiej Felczyńskiego w Przemyślu.
17 października 1993 roku bp Kazimierz Górny, ordynariusz rzeszowski, dokonał konsekracji kościoła i ołtarza. W ołtarzu zostały umieszczone relikwie bł. Karoliny Kózkówny, Dziewicy i Męczennicy.