Jednocześnie dodali nowe elementy, bizantyjskie – ikonostas, figury patronów Rusi, nową drewnianą kopułę w miejsce barokowej sygnaturki oraz wolnostojącą dzwonnicę. W 1946 roku, po aresztowaniach greckokatolickich biskupów i likwidacji struktur Kościoła greckokatolickiego w Polsce, do kościoła po 162 latach powrócili karmelici, choć władze komunistyczne znacznie utrudniały korzystanie z obiektów klasztornych.
Na konferencji Episkopatu Polski w 1991 r, w której uczestniczyli przedstawiciele unitów, podjęto decyzję o przekazaniu kościoła grekokatolikom na 10-letni okres przejściowy, do czasu aż wybudują własną katedrę. Postanowienie to wywołało zdecydowaną akcję protestacyjną w Przemyślu. Doszło do okupacji świątyni przez członków Społecznego Komitetu Obrony Polskiego Kościoła Ojców Karmelitów, na czele którego stanął Stanisław Żółkiewicz.
Ostatecznie papież Jan Paweł II wizytując Przemyśl w 1991 roku przekazał grekokatolikom pojezuicki kościół garnizonowy pw. Najświętszego Serca Pana Jezusa (w kościele tym, już od 1957 roku obok nabożeństw w rycie łacińskim odprawiano również msze w obrządku wschodnim). Od 1996 roku kościół św. Teresy stał się kościołem garnizonowym, a kościół pojezuicki katedrą archieparchii przemysko-warszawskiej Kościoła greckokatolickiego jako Sobór św. Jana Chrzciciela.