Historia Obserwatorium powstało na początku lat 50 XX wieku jako część Zakładu Astronomii PAN. Inicjatorem budowy i pierwszym kierownikiem obserwatorium był prof. Józef Witkowski, ówczesny kierownik Obserwatorium Astronomicznego Uniwersytetu Poznańskiego. Miało ono funkcjonować jako obserwatorium szerokościowe. Miejsce zostało wybrane ze względu na fakt, że szerokość geograficzna Borówca jest zbliżona do szerokości Irkucka, a różnica długości geograficznych pomiędzy tymi dwoma miejscami wynosi ok. 90°. Obserwatorium zostało powołane w roku 1952 pod nazwą Astronomiczna Stacja Szerokościowa. Początkowo obserwatorium miało zajmować się wyznaczaniem ruchów bieguna oraz zjawiskami związanymi z czasem (poprawki czasu, utrzymanie standardu czasu UTC). W połowie lat 60. XX wieku obiekt stał się częścią Instytutu Geofizyki Polskiej Akademii Nauk. Od roku 1964 z obserwatorium prowadzone są obserwacje sztucznych satelitów Ziemi. W roku 1972 po raz kolejny zmieniono nazwę placówki. Tym razem na Astronomiczne Obserwatorium Szerokościowe.