Po pożarze w roku 1623 odnowiono ratusz nadbudowując piętro i wieńcząc gmach attyką typu krenelażowego.
Na przełomie wieków XVIII i XIX Kazimierz traci prawa miejskie, a następnie zostaje włączony w obręb Krakowa jako jedna z jego dzielnic. Budynek Ratusza pozbawiony właściwej funkcji popada w ruinę; w roku 1806 przeznaczony do rozbiórki zostaje wystawiony na licytację. W czasach Wolnego Miasta Krakowa (1815–1846) następuje zmniejszenie dawnego rynku kazimierskiego wskutek przedłużenia zabudowy ulicy Krakowskiej. W tym czasie ustala się również dzisiejsza nazwa placu – Wolnica. W roku 1829 ratusz zostaje przebudowany dla potrzeb szkoły przemysłowo-handlowej, a w drugiej połowie XIX wieku, po przejęciu go przez gminę żydowską, ulokowana została w nim szkoła powszechna, do której uczęszczała młodzież żydowska. W latach 1875–1876 budynek rozbudowano według projektu Stefana Żołdaniego. Rozebrana wtedy została malownicza przybudówka od strony północnej, a od strony południowej dobudowano nowe skrzydło o formach pseudo-renesansowych.