Wystąpiły też problemy z komputerowym systemem sterowania sondy, co zmusiło inżynierów do jego przeprogramowania.
15 grudnia 1977 roku Voyager 2 został prześcignięty przez wystrzeloną szesnaście dni później, ale wprowadzoną na szybszą trajektorię, sondę Voyager 1. W tym momencie odległość między sondami wynosiła 17 mln km.
6 kwietnia 1978 roku doszło do awarii głównego odbiornika radiowego sondy. Komputer pokładowy przełączył odbiornik na zapasowy, który jednak okazał się uszkodzony – niesprawny był kondensator w obwodzie strojenia. Awaria ta groziła utratą całej misji i inżynierom z Jet Propulsion Laboratory zajęło kilka miesięcy opracowanie procedur umożliwiających sprawne przesyłanie rozkazów na sondęUszkodzenie kondensatora obwodu strojenia spowodowało, że odbiornik nie może dostrajać się do zmian częstotliwości o wartościach większych niż 96 Hz w odbieranym sygnale. Zmiany częstotliwości sygnału są wywołane przez efekt Dopplera na skutek zmian we względnej prędkości między sondą a antenami nadawczymi na Ziemi, wynikających z ruchu obrotowego Ziemi oraz z jej ruchu orbitalnego i ruchu samej sondy. Dodatkowo uszkodzony odbiornik gwałtownie reaguje na zmiany temperatury o wartości zaledwie 0,25 °C zmieniając swą częstotliwość odbiorczą.