W 1969 powrócił do działaczy dawnego Gioventu Studentesca, które w międzyczasie opuściło Akcję Katolicką pod wpływem serii protestów studenckich w Europie w maju 1968; ks. Giussani stanął na czele nowej organizacji – Comunione e Liberazione. Był przewodniczącym Rady Generalnej CL i doprowadził m.in. do uznania organizacji przez watykańską Papieską Radę ds. Świeckich. Zyskał wpływy nie tylko w Kościele, ale także w świecie politycznym i gospodarczym; w gronie zwolenników i działaczy CL byli m.in. przyszły kardynał Angelo Scola i znany polityk Rocco Buttiglione.
W 1983 Jan Paweł II obdarzył go godnością papieskiego prałata honorowego; w 1995 został laureatem Międzynarodowej Nagrody Kultury Katolickiej. Pełnił funkcję konsultanta Kongregacji ds. Duchowieństwa oraz Papieskiej Rady ds. Świeckich.
thumb|250px|Grobowiec Luigi Giussaniniego w Mediolanie Publikacje Był autorem wielu publikacji, tłumaczonych na różne języki. Opracował dla włoskiej Encyklopedii Katolickiej hasło „wychowanie”.