Clemente oświadczył, że miewał mistyczne wizje, cierpiał przez stygmaty i przez lata otrzymywał wiadomości z nieba w El Palmar de Troya. Według Kościoła Palmariańskiego, począwszy od 30 września 1969 roku Clemente zaczął otrzymywać dużą liczbę wizji Dziewicy Maryi i dziesiątek świętych. Orędzia otrzymane podczas wizji atakowały Sobór Watykański II i jego reformy, a także Kurię Rzymską, oskarżając ich o bycie „komunistami i masonami”.
W 1975 roku, pod wpływem swych wizji, wraz z Manuelem Alonso Corralem założył Zakon Karmelitów od Najświętszego Oblicza w braterstwie z Jezusem i Maryją, połączony później unią personalną i funkcjonalną z Kościołem Palmariańskim.
11 stycznia 1976 roku Clemente został wyświęcony na biskupa wraz z czterema innymi osobami w sposób ważny, ale – zgodnie z prawem kanonicznym – niegodny przez wietnamskiego arcybiskupa Pierre’a Martina Ngô Đình Thụca, który został za to ekskomunikowany z mocy samego prawa (latae sententiae). 19 kwietnia 1976 roku na autostradzie Bilbao-Behobia Clemente uległ poważnemu wypadkowi, w wyniku którego stracił gałki oczne i wzrok.