Wiek XVIII i XIX thumb|Fragment rynku z XIX-wieczną kamienicą W 1768 zawiązano w Kcyni słynną w Wielkopolsce Konfederację Kcyńską. 29 stycznia 1770 w bitwie pod Kcynią wojska rosyjskie rozbiły pułki konfederatów barskich. Od 1773 pod panowaniem pruskim. W 1775 wielki pożar strawił prawie całe miasto. W 1781 powstał pierwszy kościół ewangelicki (rozebrany w 1971), a w 1787 kościół i klasztor karmelitów. Miasto liczyło wtedy około 1000 mieszkańców. W okresie od 1807 do 1815 Kcynia znajdowała się w Księstwie Warszawskim. Po kongresie wiedeńskim Kcynia nie znalazła się w kongresowym Królestwie Polskim. Wróciła w skład Królestwa Prus. Od 1818 miasto znalazło się w powiecie szubińskim. W 1835 nastąpiła kasata klasztoru karmelitów. W 1842 wprowadzono pruską ordynację miejską. W 1848 miało miejsce powstanie Kosynierów Kcyńskich. Miasto liczyło wtedy około 2,5 tys. mieszkańców. W latach 1860–1865 powstał gmach Seminarium Nauczycielskiego (obecnie Zakład Poprawczy). W 1866 największa w historii miasta epidemia cholery zdziesiątkowała jego ludność (zmarło 313 osób). Kolejne lata to nowe inwestycje: 1880 wzniesiono gmach Sądu Grodzkiego, 1887 powstała linia kolejowa Gniezno-Nakło, zbudowano dworzec kolejowy. 2 sierpnia 1893 burmistrz oficjalnie powołał jednostkę Straży Pożarnej.