Gdy w 1966 Leszek Kołakowski wygłosił na Uniwersytecie Warszawskim przemówienie krytykujące rządy Władysława Gomułki, skutkiem czego został zawieszony w prawach członka PZPR, Wiktor Woroszylski i Paweł Beylin przygotowali pismo do Biura Politycznego KC z wnioskiem o cofnięcie decyzji partyjnej. Bocheński podpisał się pod listem jako trzeci i – po zebraniu przez trójkę ogółem kilkunastu podpisów – zaniósł pismo do KC. W konsekwencji wszyscy sygnatariusze listu zostali wezwani przed „rodzaj partyjnego sądu” pod przewodnictwem Zenona Kliszki i usunięci z partii. Od tego czasu Bocheński był działaczem opozycji.

W pierwszej połowie lat siedemdziesiątych odbył dwie podróże do Włoch (1970 i 1973–1974). Podczas tych podróży spotykał się z Gustawem Herlingiem-Grudzińskim, który w 1970 roku polecił mu pokój do wynajęcia pod Monte Tiberio na Capri, gdzie Bocheński spędził dwa tygodnie, gromadząc materiał do trzeciego tomu Trylogii, Tyberiusz Cezar.

W latach 1972–1973 i w 1981 przebywał w Berlinie Zachodnim na zaproszenie jury programu Artyści w Berlinie.