Funkcjonowanie Fundacji oparte jest na współpracy trzech podstawowych filarów tworzących jej strukturę: członkach sieci, narodowych koordynatorach oraz władzach Fundacji.
Fundacja im. Anny Lindh odgrywa ważną rolę w kształtowaniu obszaru eurośródziemnomorskiego jako przestrzeni współpracy, dialogu i pokoju. Do podstawowych zadań Fundacji należą m.in. promocja wiedzy, wzajemnego zrozumienia oraz szacunku między przedstawicielami różnych religii, kultur i narodów, walka z rasizmem, ksenofobią oraz wszelkimi przejawami dyskryminacji, oraz identyfikowanie, rozwijanie i promowanie współpracy kulturalnej.
Fundacja im. Anny Lindh organizuje samodzielnie lub we współpracy z innymi instytucjami i organizacjami (UNESCO, ALESCO, ISESCO) projekty wspierające dialog euro-śródziemnomorski. Od początku funkcjonowania Fundacja zrealizowała szereg warsztatów, wystaw, szkoleń, spotkań ekspertów oraz kampanii. Corocznie przyznaje także dwie nagrody: Eurośródziemnomorską Nagrodę w Dziedzinie Dialogu Międzykulturowego oraz Nagrodę Dziennikarską w