Po odzyskaniu przez Litwę niepodległości w 1990 świątynię zwrócono kościołowi katolickiemu. Do kościoła ponownie sprowadziły się siostry zakonu Niepokalanego Poczęcia Najświętszej Maryi Panny. W 2015 roku Archidiecezja wileńska powierzyła duszpasterstwo Kościoła Świętego Krzyża w Wilnie kapłanom prałatury Opus Dei.
W 2002 kościół został odnowiony.
Architektura thumb|Kościół św. Krzyża i były klasztor bonifratrów Kościół św. Krzyża jest niewielką budowlą, odznaczającą się niezwykłą prostotą formy. Fasada, podzielona w pionie i w poziomie na trzy części i akcentowana skromnymi lizenami i gzymsami, ujęta została w dwie rokokowe wieżyczki, zwieńczone niewielkimi hełmami z lukarnami. Fronton i wieżyczki zdobią trzy wielkie, metalowe krzyże o delikatnej ornamentyce.
Do fasady przylega wydatna kruchta, nad którą umieszczony jest obraz Matki Boskiej, będący kopia obrazu znajdującego się wewnątrz świątyni.
Wnętrze świątyni jest jednonawowe, o nisko zawieszonym sklepieniu. Wyposażone w trzy niewielkie ołtarze o wystroju barokowym. W głównym ołtarzu, sięgającym aż do sklepienia, znajduje się obraz Matki Boskiej Śnieżnej zwany też „Matką Boską Bonifraterską” i krucyfiks. W kościele bije nadal, uważane za cudowne, źródełko.