było tu zlokalizowane jedno z trzech (obok Astorgi i Saragossy) biskupstw na półwyspie.
Wraz z upadkiem cesarstwa w V wieku n.e., miasto w 441 roku zajęli Swebowie, a po nich Wizygoci. Czas ich panowania oznaczał dla gospodarki na Półwyspie Iberyjskim okres stagnacji, ruralizacji oraz degradacji handlu i rzemiosła. W tych warunkach Méridzie, jako jednemu z niewielu miast, udało się utrzymać swój miejski i rzemieślniczo-wytwórczy charakter. W czasie inwazji arabskiej na Królestwo Wizygotów miasto zostało zdobyte w 713 roku n.e. przez Musę ibn Nusajra i mocno zniszczone. W rękach arabskich osada pozostała do roku 1230, kiedy to zdobył ją Alfons IX, król Leónu. Po tym wydarzeniu Mérida stała się siedzibą komandorii Zakonu Santiago. W czasie podbojów kolonialnych z miasta wyemigrowało do Ameryki około 210 osób, w tym Juan Rodríguez Suárez i Garci González de Silva, którzy mieli swój udział w zdobywaniu terenów dzisiejszej Kolumbii i Wenezueli. Wojna na Półwyspie Iberyjskim 1807–1814 była dla Méridy, podobnie jak dla reszty regionu, okresem upadku gospodarczego i zniszczeń dziedzictwa kulturalnego. U progu hiszpańskiej wojny domowej w 1936 roku miasto, wraz z prawie całą prowincją Badajoz, opowiedziało się po stronie Republiki.