Ks. Pecolt pochodził ze śródmiejskiej parafii Podwyższenia Świętego Krzyża w Łodzi. Wspominając czasy młodości, mówił, że wywodził się z obojętnej religijnie, kupieckiej rodziny. Samemu jednak chodził systematycznie na niedzielne msze. Po zdanej maturze na krótko wyjechał do Niemiec. Po powrocie do Łodzi, zajął się w rodzinnej firmie księgowością. Niespodziewanie dla najbliższych, w wieku 22 lat postanowił wstąpić do łódzkiego, diecezjalnego Wyższego Seminarium Duchownego, które ukończył po pięciu latach. Święcenia kapłańskie przyjął dnia 21 sierpnia 1937 z rąk biskupa Włodzimierza Jasińskiego.
Po wybuchu II wojny światowej pomagał w wydawaniu konspiracyjnego pisma. Jednak gestapo odnalazło tajną drukarnię i aresztowało kapłanów tam pracujących. Z racji, że ks. Pecolt znał biegle język niemiecki, zaproponowano mu, aby w swej rodzimej parafii odprawiał nabożeństwa dla niemieckiej ludności miasta, na co początkowo się zgodził. Później zachęcano go, aby zdradzał tajemnicę spowiedzi, czego odmówił. Szczęśliwie, nie spotkały go za to żadne represje (niemieccy oficerowie potraktowali tę postawę księdza z szacunkiem, widząc w niej wyraz świadectwa odwagi i wiary). Wkrótce jednak ks. Pecolt, pragnąc służyć wszystkim ludziom, niezależnie od narodowości, postanowił uciec z Łodzi. Udało mu się zbiec na Podlasie.