Yoweri Museveni nie uznał wyników wyborów i ogłosił zbrojny bunt przeciwko nowemu rządowi.
Wojna Yoweri Museveni oraz jego zwolennicy schronili się w południowo-zachodniej części kraju, tworząc Powszechną Armię Oporu (PRA). PRA później połączyła się z grupą byłego prezydenta Lule, Ugandyjskich Bojowników o Wolność (UFF), w celu stworzenia Narodowej Armii Oporu (NRA) i jej politycznego skrzydła – Narodowego Ruchu Oporu (NRM). Jednocześnie dwie inne grupy rebeliantów, Ugandyjski Front Ocalenia Narodowego (UNRF) i Była Ugandyjska Armia Narodowa (FUNA), powstałe z resztek zwolenników Amina rozpoczęły walkę z UNLA
Wojna rozpoczęła się 6 lutego 1981 roku, od ataku NRA na wojskową instalacje w regionie Mubende. Museveni, który miał doświadczenia w wojnie partyzanckiej z Frontu Wyzwolenia Mozambiku (FRELIMO) oraz Frontu Ocalenia Narodowego (FRONASA), utworzonych w Tanzanii do walki z Idi Aminem. NRA rozpoczęła kampanię na obszarach wiejskich, wrogo nastawionych do rządu Obote, zwłaszcza w środkowej i zachodniej Bugandzie oraz w Ankole i Bunyoro w zachodniej Ugandzie.