Kierowany przez niego szpital wyspecjalizował się w leczeniu gruźlicy kostno-stawowej u dzieci.
Umiejętności lekarskie uratowały go po dojściu Hitlera do władzy; żona Mollenhauera pochodziła z rodziny żydowskiej, ale ponieważ był on jedynym specjalistą-ortopedą na południu Prus Wschodnich i brakowało chętnych do zastąpienia go, pozwolono mu kontynuować pracę w Olsztynie. Mimo szykan, którym poddawano cała rodzinę, wojnę przeżyła i żona lekarza, i jego synowie. W chwili zajęcia Olsztyna przez Armię Radziecką 22 stycznia 1945, kiedy w mieście brakowało personelu medycznego, Mollenhauer niósł pomoc lekarską rannym i chorym, także Polakom. Dołączył następnie do przybyłych do Olsztyna polskich lekarzy i przez pewien czas pracował pod kierunkiem doktora Jana Janowicza w Szpitalu Wojewódzkim. Pozostawał w trudnych warunkach materialnych, ratował się wyprzedażą swojego prywatnego sprzętu medycznego, m.in. Szpitalowi Wojewódzkiego sprzedał negatoskop.
Aresztowany pod zarzutem udziału w siatce szpiegowskiej, uniewinniony został w lipcu 1946 i 3 sierpnia tegoż roku zwolniony z aresztu.