W 3 miesiącu wały ulegają połączeniu w pojedynczy, biegnący poprzecznie wał móżdżku, z którego części bocznych tworzą się zawiązki półkul móżdżku, a z części środkowej – zawiązek robaka. Pierwszym płatem móżdżku jest płat grudkowo-kłaczkowyBochenek A, Reicher M: Anatomia człowieka. Tom IV PZWL, Warszawa 1981 s. 35-39.
Zaburzenia rozwoju móżdżku zachodzące w tym okresie powodują niedorozwój (hipoplazję) robaka, półkul móżdżku (jednej lub obu) bądź całego móżdżku. Zaburzenia rozwoju na wcześniejszym etapie mogą doprowadzić do całkowitego braku móżdżku (agenezja móżdżku, aplazja móżdżku), całkowitego braku jednej półkuli móżdżku lub robaka (agenezja robaka móżdżku). Zaburzenia w okresie późniejszym, kształtowania się szczelin i płacików móżdżku, objawiają się jako różnorodne malformacje (dysplazje).
Odmienną patologią jest atrofia móżdżku, w której prawidłowo rozwinięty móżdżek ulega zanikowi wskutek procesu neurodegeneracyjnego lub urazu. Zróżnicowanie hipotrofii i atrofii może być trudne w przypadku, gdy zmiany neurodegeneracyjne mają początek we wczesnym dzieciństwie.