Standardowo montowane były silniki tzw. D-serii, rozwijające moc ok. 124-128 KM (D16Z6, D16Y8) – w wersjach oznaczonych w Europie jako ESi. Dostępna była także wersja Vti, z silnikiem B16A2 lub B16A3 (Stany Zjednoczone) rozwijającym moc około 160 KM. Na rynek japoński montowany był także silnik B16A rozwijający moc około 167 KM. Do roku 1996 w USA i Japonii dostępna była wersja oznaczona jako S (USA) lub VXi/VGi (Japonia) wyposażona w silnik rozwijający moc około 102 KM (USA) lub w silnik D15B (JDM) – około 130 KM.
Na większości rynków CRX oferowany był z silnikami wyposażonymi w system VTEC z jednym lub dwoma wałkami rozrządu (SOHC lub DOHC). Jednak na niektóre rynki (głównie afrykańskie i bliskowschodnie) trafiły egzemplarze z zamontowanymi silnikami DOHC bez systemu VTEC. Silniki te znane były z poprzedniej generacji Hondy CRX – były one oznaczone jako D16A9 i rozwijały moc maksymalną zbliżoną do silników SOHC z system VTEC – jednak przebieg krzywej mocy w przypadku tych silników był nieco inny.
Silniki w wersji Esi Oraz Vti były łączone z innymi skrzyniami biegów: w wersji Esi silnik współpracował ze skrzynią S20;