Pierwszym proboszczem kościoła został Everhard Illigens.
Aż do drugiej wojny światowej był kościół Najświętszego Serca Pana Jezusa obok wzniesionego w 1910 roku kościoła św. Józefa w dzielnicy Kücknitz jedynym katolickim kościołem parafialnym w Lubece i okolicach; jako główny kościół katolicki otrzymał w 1958 status kościoła farnego wśród innych kościołów parafialnych dekanatu Lubeki.
Kościół Najświętszego Serca Pana Jezusa należy obecnie do Archidiecezji hamburskiej; od 8 października 2006 jego proboszczem jest Franz Mecklenfeld.
Kościół Najświętszego Serca Pana Jezusa pozostaje centrum życia religijnego, a także społeczno-kulturalnego katolików Lubeki, którzy stanowią obecnie 11% ludności miasta. Jest jedynym katolickim kościołem na Starym Mieście; z racji centralnego położenia jest licznie odwiedzany przez mieszkańców i przyjezdnych. Działają przy nim różne katolickie wspólnoty etniczne, m.in.: węgierska, chorwacka, ukraińska, portugalska czy włoska;