Zakon joannitów utworzył przy kościele komandorię, która przetrwała aż do 1832 roku, kiedy to władze pruskie dokonały kasaty zakonu.
Pod koniec XV wieku na skutek pożaru kościół został przebudowany w stylu gotyckim, natomiast XVI wieku dobudowano nawę boczną wraz z wieżą. Kolejna większa inwestycja budowlana miała miejsce w latach 1719-1740 z inicjatywy komandora Michała Dąbrowskiego. W tym okresie wzniesiono barokową kaplicę ku czci Krzyża Świętego, w podziemiach której grzebano zmarłych komandorów zakonu.
Na skutek kasaty zakonu w 1832 roku władze kościelne utworzyły parafię prowadzoną przez księży diecezjalnych. W 1870 roku papież Pius XI nadał kościołowi przywilej odpustu zupełnego dla wszystkich nawiedzających kościół w Poniedziałek Wielkanocny (tzw. odpust Emaus). Na przełomie XIX i XX wieku parafia maltańska obejmowała swoim zasięgiem Komandorię, Główną, Przedmieście Warszawskie, Chartowo, Żegrze, Święty Roch oraz Rataje. Po I wojnie światowej sukcesywnie powstawały nowe parafie: 1924: parafia Najświętszej Maryi Panny Niepokalanie Poczętej na Głównej, 1936: parafia Chrystusa Odkupiciela na Osiedlu Warszawskim (wydzielona z parafii na Głównej) 1937: parafia św. Rocha (restytuowana). W czasie II wojny światowej niemieccy okupanci zakazali działalności parafii, a kościół zamienili na magazyn.