Historia kultu religijnego w Bydgoszczy w przeważającej części dotyczy Kościoła katolickiego. Kościół ten we wszystkich okresach dziejów Bydgoszczy odgrywał znaczącą rolę. Pewien wpływ na obraz religijny miasta miała również reformacja w XVI i XVII wieku oraz kolonizacja niemiecka w wieku XIX, która doprowadziła do wzrostu znaczenia kościoła ewangelicko-unijnego.
Wyszogrodzka parafia pw. św. Marii Magdaleny
Najstarszym obiektem kultu chrześcijańskiego na terenie administracyjnym obecnego miasta Bydgoszczy jest obecnie nieistniejący kościół pw. św. Marii Magdaleny. Nie był on położony bezpośrednio przy grodzie bydgoskim, lecz przy warowni zwanej Wyszogród, położonej na urwistym brzegu Wisływ obecnej dzielnicy Fordon. Był to jeden z najstarszych w regionie kościołów parafialnych, istniejący dowodnie w 1198 r., a datowany przez historyków co najmniej na połowę XII wieku. Być może świątynia istniała jeszcze wcześniej, gdyż istnieje głęboko zakorzenione w historii podanie o konsekracji przez biskupa św. Wojciecha kaplicy grodowej pw. Marii Magdaleny w Wyszogrodzie w 997 r., podczas jego podróży misyjnej do Pruspodanie wymienione w1588 r. podczas wizytacji biskupiej w Fordonie. Kościół wyszogrodzki stracił znaczenie w XV wieku, ale istniał jeszcze do końca XVIII wiekuW latach 30. XV wieku powstała parafia pw. św.