W związku z zaistniałą sytuacją Synod postanowił skrócić jego kadencję do momentu wyboru nowego biskupa i wprowadzenia go w urząd, czyli do stycznia 2010 r. Głosowanie nad wotum zaufania dla Jaguckiego, było pierwszym tego rodzaju głosowaniem w historii polskiego Kościoła Ewangelicko-Augsburskiego.
24 czerwca 2009 r. podczas Ogólnopolskiej Konferencji Duchownych Kościoła Ewangelicko-Augsburskiego we Wrocławiu dokonano typowania kandydatów, spośród których w czasie jesiennej sesji synodu został wybrany nowy biskup. W wyniku tajnego głosowania spośród pięciu kandydatów wyłonionych we wstępnym głosowaniu konferencja wybrała trzech księży, którzy zostali przedstawieni Synodowi Kościoła jako oficjalni kandydaci duchownych na urząd Biskupa Kościoła: ks. Marek J. Uglorz, ks. Jerzy Samiec, ks. Adrian Korczago. 17 października 2009 roku w czasie obrad XII sesji Synodu Kościoła wybrano ks. Jerzego Samca na stanowisko zwierzchnika Kościoła Ewangelicko-Augsburskiego. Otrzymał on 38 głosów spośród 63 oddanych. Uroczystość konsekracji nowego biskupa odbyła się 6 stycznia 2010 roku w Kościele Świętej Trójcy w Warszawie.