Hume i Hovell, pierwsi Europejscy odkrywcy, przejeżdżający przez te tereny w 1824 roku, nazwali południową część Wangaratty Oxley Plains. Zgodnie z raportem majora Thomasa Mitchella z 1836 roku, tereny dzisiejszej Wangaratty miały korzystne warunki pastewne. Jednak dopiero, przybyły w 1838 roku, Thomas Rattray założył na tych terenach osadę, która początkowo miała nazwę „Oven Crossing”.
Poczta Ovens była pierwszą pocztą w okolicy, która została otwarta 1 lutego 1843. Wraz z działającą od tego samego dnia pocztą w mieście Klimore, były piątą i szóstą z kolei pocztą, otwartą na terenach kolonii Nowej Południowej Walii (Dystrykt Port Philip).
Nazwa Wangaratta została nadana przez kolonialnego inspektora, Thomasa Wedge w 1848 roku. Była ona zaczerpnięta z nazwy miejsca hodowli bydła. Istnieje także teoria, iż nazwa wywodzi się z języka rdzennych mieszkańców i oznacza „miejsce gniazdowania kormoranów” lubi „spotkanie dwóch wód”. Wkrótce później nastąpiła pierwsza sprzedaż ziem, a miasto w owym czasie liczyło około 200 mieszkańców. William Bindall ustanowił pierwszą szkołę, która mieściła się na ulicy Chisolm i liczyła 17 uczniów. W lutym 1852 roku w okolicy Beechworth odnaleziono złoto, co spowodowało, iż pod koniec roku 8 000 poszukiwaczy przybyło na tereny Ovens i Beechworth.