W 1589 roku został zaproszony przez króla Francji do powrotu do kraju. Otrzymał nominację na nadzwyczajnego radcę parlamentu paryskiego. Został również baliwem okręgu Pays de Gex (na terenie Franche Comte). Jednakże po 6 miesiącach od przeprowadzki tereny te zostały podbite przez oddziały księcia Sabaudii. Dom Godefroy`ego i jego biblioteka spłonęły. Wraz z rodziną uciekł więc do Bazylei i pozostał tam dotąd, aż miasto Strasburg (będące wówczas wolnym miastem cesarskim) przyznało mu w 1591 roku katedrę na tamtejszym uniwersytecie.
Jego sława jako uczonego wzrastała dzięki kolejnym publikacjom, szczególnie różnym wydaniom Corpus Iuris Civilis. Wówczas palatyn reński Fryderyk IV zaprosił go na uniwersytet w Heidelbergu. Jednak początkowe warunki pracy nie wydały się Godefroy`owi satysfakcjonujące i w 1601 roku wrócił do Strasburga. Heidelberczycy skłonili go jednak do powrotu w 1604 roku, tym razem na dłużej. Otrzymał nie tylko profesurę ich uniwersytetu, ale także w 1606 roku został dziekanem wydziału prawa. Ponadto rok później został wybrany rektorem oraz został powołany do rady monarszej. Władca Palatynatu wysyłał go z licznymi misjami dyplomatycznymi do Paryża.