Po powrocie, rozwijając niemiecką metodę Heinekego, nauczył swego podopiecznego „czytać z ruchu ust”. Swoje wyniki nauczania przedstawił w 1809 w Towarzystwie Przyjaciół Nauk. W 1815 Dyrekcja Edukacji Narodowej powierzyła mu utworzenie Instytutu Głuchoniemych, pierwszej w Polsce szkoły kształcącej dzieci głuche. Po rocznym naukowym pobycie w Wiedniu, 23 października 1817 otworzył Instytut w dwóch pokojach Pałacu Kazimierzowskiego. Kolejna siedziba mieściła się na Krakowskim Przedmieściu pod nr 391 (według ówczesnej numeracji).

W 1820 został wyznaczony przez metropolitę warszawskiego Szczepana Hołowczyca na stanowisko proboszcza parafii na Solcu. To pozwoliło mu uzyskać dodatkowe fundusze na działalność Instytutu. W 1822 placówkę wizytował cesarz i król Polski Aleksander I. Dzięki przekazanej przez cesarza ze skarbu państwa sumie 124 000 złp. Falkowski wybudował fasadę budynku przy ulicy Wiejskiej pod nr 1737, a oficyny przebudował na warsztaty. Był rektorem Instytutu do 1831. „Rocznik Towarzystwa Naukowego”„Rocznik Towarzystwa Naukowego z Uniwersytetem Krakowskim połączonego”, t. IV, Kraków 1819, strony początkowe nienumerowane wymienia go wśród „Członki Korespondenci Towarzystwa – Falkowski Jakób, Prof. Instytutu Głuchoniemych”. 18 czerwca 1826 został pierwszym proboszczem parafii św. Aleksandra.