Został później posłem do katalońskiego parlamentu (utrzymując mandat w następnych wyborach) i przewodniczącym ERC. W 2016 objął stanowisko wiceprzewodniczącego Generalitat de Catalunya oraz ministra finansów i gospodarki w regionalnym rządzie. Gabinet ten został odwołany w październiku 2017 decyzją hiszpańskiego premiera. 2 listopada 2017 został tymczasowo aresztowany razem z grupą innych byłych ministrów katalońskich pod zarzutami m.in. wszczęcia buntu. Proces w tej sprawie rozpoczął się w lutym 2019.
W wyborach z kwietnia tego samego roku, pozostając osobą tymczasowo aresztowaną, uzyskał mandat posła do Kongresu Deputowanych. W maju 2019 został natomiast wybrany do PE IX kadencji jako lider listy wyborczej Ahora Repúblicas, nie objął jednak początkowo mandatu z uwagi na spór co do legalności jego wyboru.
W październiku 2019 został uznany za winnego przestępstw związanych z buntem i sprzeniewierzeniem środków publicznych;