W 1929 Komitet Budowy Kościoła poprosił Kurię Arcybiskupią o utworzenie na Czyżkówku nowej parafii. Prośba ta została spełniona przez ks. prymasa Augusta Hlonda, który 1 lipca 1933 erygował nową parafię pod wezwaniem św. Antoniego z Padwy, wydzielając ją z parafii św. Trójcy. Liczba wiernych wynosiła wtedy ok. 6,5 tys. osób, a parafia obejmowała osiedla położone na zachodzie miasta: Czyżkówko i Miedzyń oraz wsie podmiejskie: Prądy, Drzewce, Łochowo, Łochowice, Lisi Ogon, Osową Górę, Opławiec i Smukałę. Administratorem parafii został ks. Jan Baranowski.
Kolejnym etapem rozwoju parafii była budowa kościoła, którą rozpoczęto w 1936 po zakupie terenu przy ul. Głuchej. Projekt świątyni, sfinansowany przez arcybiskupa gnieźnieńskiego Antoniego Laubitza, wykonał w 1935 poznański architekt Stefan CybichowskiWysocka Agnieszka: Kościoły projektu Stefana Cybichowskiego w Bydgoszczy i okolicach miasta. [w.] Kronika Bydgoska XXX 2008. Towarzystwo Miłośników Miasta Bydgoszczy. Bydgoszcz 2009. ISSN 0454-5451. Architekt zrezygnował ze stylizacji historycznej elewacji kościoła, co pozwoliło obniżyć koszty budowy o 25%. 5 sierpnia 1936 wydano pozwolenie na budowę, a prace murarskie i ciesielskie przy wznoszeniu obiektu prowadziła firma Juliana Jarockiego. Do września 1939 świątynia stała w stanie surowym, z niedokończonym stropem i dachem.