Zmiana nazwy z istniejących Komend Miast na Komendy garnizonu nastąpiła na podstawie rozkazu organizacyjnego z dnia 24 listopada 1951 roku Dowódcy Marynarki Wojennej. Stan etatowy Komendy Garnizonu wynosił wtedy 21 wojskowych i 1 kontraktowy.
Rok 1968 przyniósł kolejne zmiany organizacyjne. Zgodnie z zarządzeniem Szefa Sztabu Generalnego WP Nr 094/Org z dnia 28 czerwca 1968 roku Dowódca Marynarki Wojennej wydał rozkaz Nr 24 z dnia 14 sierpnia 1968 roku, w którym rozkazał Komendantowi Garnizonu II kat. – Gdynia przeformować w terminie do dnia 30 listopada 1968 roku Komendę Garnizonu II kat. – Gdynia na Komendę Garnizonu Gdynia według etatu Nr 15/105, o etatowym stanie osobowym 61 żołnierzy i 8 pracowników cywilnych. Jednostka została podporządkowana pod każdym względem – zastępcy dowódcy Marynarki Wojennej ds. ogólnowojskowych.
W związku z przejęciem przez organy Wojskowej Służby Wewnętrznej określonych zadań w zakresie prewencji, wykonywanych dotychczas przez komendy garnizonów, Szef Sztabu Generalnego WP nakazał w 1977 roku przeformować komendy garnizonów Marynarki Wojennej. Stan etatowy został zmieniony na 11 żołnierzy 2 pracowników oraz 4 stanowisk osobowych z etatu zbiorczego – profosów aresztu Marynarki Wojennej.