W latach 1945–1948 był przewodniczącym Zarządu Głównego ZWM. Od 22 stycznia 1945 do 13 czerwca 1945 był I sekretarzem Komitetu Warszawskiego PPR. Od 1945 był posłem do KRN, a od 1947 – posłem na Sejm Ustawodawczy. W 1948 pod zarzutem tzw. odchyleń prawicowo-nacjonalistycznych, został usunięty od działalności politycznej. Według relacji Józefa Światły, bezpieka próbowała nakłonić Kowalskiego do zeznań, obciążających Władysława Gomułkę. Ten jednak kategorycznie odmawiał. Po serii męczących wielogodzinnych przesłuchań, prowadzonych przez Anatola Fejgina i Romana Romkowskiego miał ponoć dostać pomieszania zmysłów. W efekcie miał być odstawiony do szpitala w Tworkach, gdzie zmarł 1 października 1951. Za oficjalną przyczynę śmierci podano wrzód mózgu. Został pochowany na cmentarzu Wojskowym na Powązkach (kwatera A4-5-10).
Ordery i odznaczenia Krzyż Komandorski Orderu Odrodzenia Polski (13 lipca 1946) „za zasługi w budownictwie nowej Demokratycznej Polski”. Medal za Warszawę 1939–1945 (17 stycznia 1946) „w pierwszą rocznicę wyzwolenia Warszawy zasłużonym w walce o wyzwolenie i odbudowę Stolicy (...)”.
Upamiętnienie Był patronem jednej z ulic na warszawskim Bródnie, która w listopadzie 2008 otrzymała nowego patrona – hokeistę Aleksandra Kowalskiego.