Warownia broniła się przez ponad pół roku; dopiero 2 lutego 1465 roku krzyżacka załoga opuściła zamek i miasto.

Po przejęciu przez stronę polską zamek stał się siedzibą starostów nowskich. Przynależność Nowego do Korony została ostatecznie potwierdzona przez II pokój toruński z 1466 roku.

Czasy nowożytne W okresie staropolskim zamek pozostawał siedzibą miejscowej administracji królewskiej. Nie uległ zasadniczej rozbudowie i zachował średniowieczny układ przestrzenny. Znaczne zniszczenia przyniosły dopiero wojny polsko-szwedzkie w XVII wieku, zwłaszcza działania z lat 1626–1628 oraz 1655 roku.

Po I rozbiorze Polski w 1772 roku Nowe znalazło się pod panowaniem pruskim. W następnych latach przystąpiono do rozbiórki znacznej części zespołu zamkowego, w tym zabudowań gospodarczych i obwarowań. W latach 1787–1789 zachowane skrzydło wschodnie gruntownie przebudowano na zbór ewangelicki. Usunięto wówczas średniowieczne podziały wnętrz, część sklepień i stropów oraz przebito w murach nowe, znacznie większe otwory okienne.

Po zakończeniu funkcjonowania zboru budynek służył kolejno m.in. jako magazyn i remiza strażacka. Funkcje te pozwoliły zachować główny korpus zamku, choć jego średniowieczny układ wnętrz uległ daleko idącym przekształceniom.