Nieremontowana przez dziesięciolecia popadła w zaniedbanie. W latach 90. XX wieku zaprzestano w niej sprawowania mszy świętych.
W 2002 roku ewangelicy sprzedali zrujnowaną świątynię. Kupił ją ksiądz rzymskokatolicki z archidiecezji łódzkiej, Jacek Stasiak. Duchowny przekazał nieruchomość na rzecz Fundacji Centrum Dialogu Kultur i Religii, którą założył wraz z biskupem diecezji warszawskiej Kościoła Ewangelicko-Augsburskiego w RP, Mieczysławem Cieślarem.
W latach 2004–2012 budynek został wyremontowany przez tę organizację przy udziale władz miejskich Aleksandrowa Łódzkiego, diecezji warszawskiej Kościoła Ewangelicko-Augsburskiego w RP oraz Towarzystwa Przyjaciół Aleksandrowa Łódzkiego na: centrum kultury, spotkań międzywyznaniowych, organizację uroczystości miejskich, szkolnych, a także okolicznościowego sprawowania liturgii i nabożeństw ekumenicznych.
W latach 2002–2017 obiekt funkcjonował jako Ekumeniczne Centrum Dialogu Religii i Kultur. W 2017 roku budynek pod nazwą kościół św. Stanisława Kostki stał się własnością Stowarzyszenia Aleksandrów dla aleksandrowian, które kontynuuje misję i cele statutowe poprzedniego użytkownika.