25 czerwca 2009, na czele grupy swoich zwolenników, siłą dostał się stołecznej bazy sił powietrznych, z której odebrał karty i urny wyborcze, przywiezione samolotem z Wenezueli, z obawy przed ich zajęciem lub zniszczeniem. W kolejnych godzinach i dniach zwolennicy prezydenta rozpoczęli dystrybucję materiałów wyborczych do 15 tys. punktów wyborczych w całym kraju, podczas gdy Sąd Najwyższy nakazał ich konfiskatę.
26 czerwca 2009 Sąd Najwyższy wydał w tajemnicy nakaz aresztowania wystawiony na nazwisko Zelayi, oskarżając go m.in. o zdradę stanu i nadużycie władzy. Oskarżył go o naruszenie konstytucji w związku z przygotowywanym głosowaniem, które wcześniej uznał za bezprawne. Zgodnie z nakazem, prezydent miał być zatrzymany w swojej rezydencji w Tegucigalpie. Zelaya oskarżył sąd o próbę dokonania zamachu stanu i ogłosił w radiu i telewizji dystrybucję urn i kart wyborczych przed niedzielnym referendum. Stwierdził, że głosowanie jest prawnie dopuszczalnie, gdyż nie ma wiążącego charakteru, jest badaniem opinii publicznej i nie wprowadza żadnych nowych praw.