Jednak teren przeznaczony pod zabudowę wymagał specjalnego posadowienia obiektu, wobec czego blisko rok wbijano ręcznie 250 pali o długości około 15 m w podłoże.
Kościół jest zaprojektowany w nurcie architektury nautologicznej (odwołującej się do żeglarstwa), a jego forma nawiązuje do ewangelicznego spotkania barek na jeziorze. Rzut poziomy tworzą cztery wycinki koła o różnych promieniach, a rozgraniczające je ściany w części nad dachami przechodzą w trójkątne żagle statków. Platforma poniżej wierzchołków masztów, przypominająca bocianie gniazdo, stanowi podstawę wieży dzwonniczej, zwieńczonej krzyżem greckim. Obrys fundamentów ma kształt kielicha leżącego na okręgu wyobrażającym hostie. Podstawa kielich to mały kościół, czara – Kościół Zasadniczy, a hostia to sale pamięci i pomieszczenia gospodarcze.
15 sierpnia 1976 roku erygowana została na Kapuściskach i Wyżynach nowa parafia pod wezwaniem Św. Polskich Braci Męczennikówwydzielona z parafii św. Józefa Rzemieślnika. Jej proboszczem został ks. Romuald Biniak, któremu zlecono zadanie wybudowania nowego kościoła. Była to pierwsza parafia w Bydgoszczy, która po II wojnie światowej otrzymała pozwolenie na budowę świątyni.