W protokole z zeznań odnotowano, że "uznaje tylko rząd polski emigracyjny Mikołajczyka, nie uznaje rządu PKWN i dyrektyw jego nie wykonuje"Łukasz Zaranek, Wyklęte. Amazonki powstania antykomunistycznego. 8 grudnia 1944 po dwugodzinnej rozprawie bez udziału prokuratora i obrońcy, wyrokiem Wojskowego Sądu Garnizonowego w Lublinie pod przewodnictwem ppor. Mariana Bartonia skazana na karę śmierci. Wyrok był ostateczny i nie podlegał apelacji. 17 grudnia 1944 gen. Karol Świerczewski, dowódca 2 Armii lWP zatwierdził wykonanie wyroku. Rozstrzelana 18 grudnia 1944 r. w podziemiach Zamku w Lublinie. Była pierwszą kobietą-żołnierzem AK, rozstrzelaną w Polsce Lubelskiej na mocy wyroku sądowego.
Jej grób znajduje się na cmentarzu w Lublinie. Jedna z ulic Lublina została nazwana jej imieniem, zaś 15 grudnia 2017 w klasztorze ojców Dominikanów na Starym Mieście w Lublinie odsłonięto tablicę poświęconą jej pamięciOdsłonięto tablicę pamięci Zofii Pelczarskiej, Radio Lublin 15 grudnia 2017.
Przypisy