Po trudnych czasach nadszedł rok 1537, czyli założenie miasta o nazwie Kletno (Bychawa).
Czasy reformacji Po kilku latach spokoju w życiu parafii nadeszły lata kryzysu. Około 1560 roku przekazano kościół wyznawcom kalwinizmu. Zajęli również szkołę parafialną. Bychawa została najbardziej znanym i liczącym się ośrodkiem ruchu kalwińskiego.
W Bychawie działała również na wysokim poziomie szkoła kalwińska. W 1560 roku odbyły się dwa synody kalwińskie: 14 stycznia i 24 kwietnia.
Katolicy z terenu Bychawy korzystali z posług religijnych w sąsiednich parafiach: Bychawce, Krzczonowie i Kiełczewicach.
Po rozłamie kalwinizmu i wyodrębnieniu się arian zbór i szkoła straciły na znaczeniu, więc przestały istnieć. Kalwini, opuszczając kościół, ograbili go doszczętnie, a nawet mogli go zniszczyć.
Odbudowa parafii W 1603 roku katolicy rozpoczęli budowę nowego, murowanego kościoła pw. św. Jana Chrzciciela. Budowa trwała 36 lat. 14 listopada 1639 roku biskup krakowski Tomasz Oborski dokonał jego konsekracji. Ówczesnym proboszczem był ks. Sebastian Piątkowski.