II runda kwalifikacyjna Do startu w II rundzie kwalifikacyjnej uprawnione były 34 drużyny (w tym 2 zwycięzców I rundy), z czego 17 było rozstawionych. Losowanie odbyło się 22 czerwca 2009 (godz. 12:00). Ponieważ stało się to przed zakończeniem I rundy, przyjęto założenie, że wszystkie rozstawione drużyny z I rundy wygrają swoje mecze, jeśli zaś nie – zwycięska drużyna nierozstawiona przejmowała współczynnik pokonanego (nie stało się tak w żadnym z przypadków). Pierwsze mecze rozegrano 14 i 15 lipca, rewanże – 21 i 22 lipca 2009.
Drużyny, które awansowały z I rundy kwalifikacyjnej
Drużyny rozstawione Drużyna Współcz. Drużyna Współcz. FC Kopenhaga 26,890 APOEL Nikozja 4,016 Lewski Sofia 24,250 Stabæk 3,760 Partizan Belgrad 23,050 Slovan Bratysława 2,933 Maccabi Hajfa 17,050 FK Ventspils 2,832 Dinamo Zagrzeb 16,466 NK Maribor 2,816 Wisła Kraków 9,583 FH 2,333 BATE Borysów 7,733 Inter Turku 1,958 Red Bull Salzburg 6,565 Ekranas Poniewież 1,933 Kalmar FF 4,938