Zestaponi 1,332 Liepājas Metalurgs 1,832 FC Vaduz 1,100 Skonto Ryga 1,832 FK Miłano 1,033 Dinaburg FC 1,832 Qarabağ FK 0,899 Rudar Velenje 1,816 Flora Tallinn 0,866 Naftan Nowopołock 1,733 Flamurtari Vlora 0,799 Dynama Mińsk 1,733 Toboł Kustanaj 0,649 MTZ-RIPA Mińsk 1,733 Gandzasar Kapan 0,599 Slavija Sarajewo 1,733 Bangor City 0,466 FK Sarajevo 1,733 Crusaders F.C. 0,433 NK Široki Brijeg 1,733 HB Tórshavn 0,433 Újpest FC 1,633 FC Differdange 03 0,266 Szombathelyi Haladás 1,633 OFK Petrovac 0,200 Dacia Kiszyniów 1,333 FC Santa Coloma 0,100 Iscra-Stali Rybnica 1,333 Sliema Wanderers 0,099 Zimbru Kiszyniów 1,333 AC Juvenes/Dogana 0,050
Pogrubiono nazwy drużyn, które awansowały do III rundy kwalifikacyjnej.
III runda kwalifikacyjna Do startu w III rundzie kwalifikacyjnej uprawnionych było 70 drużyn (w tym 40 zwycięzców II rundy), z czego 35 było rozstawionych. Losowanie odbyło się 17 lipca 2009 (godz. 13:00). Ponieważ stało się to przed zakończeniem II rundy, przyjęto założenie, że wszystkie rozstawione drużyny z II rundy wygrają swoje mecze, jeśli zaś nie – zwycięska drużyna nierozstawiona przejmowała współczynnik pokonanego (tak stało się w 8 przypadkach).