0,433 JK Narva Trans 0,866 B36 Tórshavn 0,433 Nõmme Kalju 0,866 NSÍ Runavík 0,433 KF Vllaznia 0,799 CS Grevenmacher 0,266 Dinamo Tirana 0,799 UN Käerjéng 97 0,266 Irtysz Pawłodar 0,649 Budućnost Podgorica 0,200 Okżetpes Kokczetaw 0,649 Sutjeska Nikšić 0,200 Mika Erywań 0,599 Llanelli AFC 0,466 Bananc Erywań 0,599 Valletta FC 0,099 Birkirkara FC 0,099
Pogrubiono nazwy drużyn, które awansowały do II rundy kwalifikacyjnej.
II runda kwalifikacyjna Do startu w II rundzie kwalifikacyjnej uprawnionych było 80 drużyn (w tym 23 zwycięzców I rundy), z czego 40 były rozstawione. Losowanie odbyło się 22 czerwca 2009 (godz. 13:00). Ponieważ stało się to przed zakończeniem I rundy, przyjęto założenie, że wszystkie rozstawione drużyny z I rundy wygrają swoje mecze, jeśli zaś nie – zwycięska drużyna nierozstawiona przejmowała współczynnik pokonanego (tak stało się w 2 przypadkach). Pierwsze mecze rozegrano 16 lipca, rewanże – 23 lipca 2009.
Na żółtym tle przedstawiono drużyny, które awansowały z I rundy kwalifikacyjnej.